重文の行教律師坐像や
狩野山雪筆による「竹に虎、御所車」所蔵

貞観2年（860）、石清水八幡宮を勧請した行教が建立したと伝わります。
文禄年間（1592～1596）、征韓の役にあって豊臣秀吉は、石清水八幡宮に詣で、軍の先鋒に神官を望みましたが神社側は恐れて命に服しませんでした。そのため秀吉は機嫌を損ねますが、神應寺住僧の機転を機転で、「征韓の首途にはまず應神天皇の御寺に参詣すべき」と進言したところ機嫌を直し、寺領200石を寄進しました。
本堂西側の小高い墓地には、江戸時代の豪商、5代目淀屋辰五郎が眠っています。淀屋は大阪の「淀屋橋」を架けた人物で、「一刻の商いが80万両に及ぶ」という米市を初め、幕府や西国33ヵ国に総額15億両という大名貸しを行い、百万石の大名も凌ぐほどの大豪商であったことで知られています。
寺内には重文の行教律師坐像や、豊臣秀吉の衣冠束帯の像を安置しています。また、桃山城から移行した書院には、狩野山雪筆による「竹虎図戸絵」などが現存します。