境内は京都府文化財環境保全地区に指定

『和名抄』でいう山城国綴喜郡内郷に鎮座する内神社は、平安時代に定められた『延喜式神名帳』に、「内神社二坐」と記される式内社です。
古伝によると、山代内臣をその住居の地に奉祀したのが創建で、相殿に鎮まり坐す味師内宿禰は、山代内臣の祖神であることから、後に合祀されたと伝えられています。また、『神社明細帳』によると、室町時代に起こった大永の乱（十六世紀前半）により社殿が頽廃したため、天正年中に今の地に遷座されたと記されています。旧社地は現在もなお「古宮」と呼ばれ、本社より南東の方角約500メートルの所に禁足地として現存し、現在の本殿及び境内は、平成13年10月から14年9月まで内里区造営事業として整備完成されたものです。
御祭神の山代内臣は、味師内宿禰の子孫で、内里の郷の始祖とされ、地名の「内」は、御祭神の名によるものと伝えられています。味師内宿禰は可怜の美称。父は孝元天皇（第八代）の皇子である比古布都押之命で、母は葛城之高千那毘売です。山代内臣の祖神であり、応神天皇（第十五代）に仕えた武内宿禰の異母兄弟にあたります。武勇に優れた兄武内宿禰に対し、美男で温和な性格の神であったと伝えられ、『日本書紀』に記されるように、神代の裁判である「探湯」を初めて行った神として知られています。